Sứ mệnh của Bệnh viện Giao thông vận tải Thành phố Hồ Chí Minh là chăm sóc sức khỏe của nhân dân thành phố Hồ Chí Minh và khu vực lân cận, xứng đáng với vai trò của bệnh viện của ngành giao thông, trong đó:
Với người bệnh: Đặt lợi ích, sức khỏe của người bệnh là mục tiêu hàng đầu; chất lượng dịch vụ cao, dịch vụ chuyên nghiệp, tận tâm trong việc khám chữa bệnh là kim chỉ nam quan trọng; Theo đuổi cải tiến chất lượng khám chữa bệnh và lấy sự đánh giá hài lòng của người bệnh, khách hàng làm kim chỉ nam; Chăm sóc người bệnh luôn tận tâm, luôn luôn lắng nghe, thấu hiểu và chia sẻ với thái độ thân thiện, chuẩn mực.
Với xã hội: Chia sẻ trách nhiệm với cộng đồng, xã hội và không ngừng góp sức cho sự phát triển của nền y học nước nhà với tinh thần phụng sự nhân dân, giữ vững y đức, thượng tôn pháp luật, giữ gìn y đức.
Với cán bộ, nhân viên: Không ngừng mang đến những cơ hội nâng cao chuyên môn, nghiệp vụ, phát triển sự nghiệp cho cán bộ, nhân viên; xây dựng một môi trường làm việc năng động, văn minh và chuyên nghiệp.
Tầm nhìn phát triển của Bệnh viện là hướng đến những chuyên khoa sâu như thẩm mỹ, y học cổ truyền, y học lao động, bệnh nghề nghiệp, điều trị nhắm đích, … giúp giải quyết những bệnh khó; là nơi hội tụ đội ngũ y bác sĩ, chuyên gia đầu ngành đồng thời kết hợp với nhiều nguồn lực quốc tế để không ngừng nâng cao chất lượng của đơn vị sánh tầm với các quốc gia phát triển trong khu vực.